1.机构设置不同
在实践中，解决劳动争议的劳动争议仲裁委员会在各个县、区一般都有设立。然而，解决商事纠纷的仲裁委员会只在直辖市、省会、设区的市设立，且各地仲裁委员会相互没有隶属关系。《劳动争议调解仲裁法》第十七条：“劳动争议仲裁委员会按照统筹规划、合理布局和适应实际需要的原则设立。省、自治区人民政府可以决定在市、县设立；直辖市人民政府可以决定在区、县设立。直辖市、设区的市也可以设立一个或者若干个劳动争议仲裁委员会。劳动争议仲裁委员会不按行政区划层层设立。”《仲裁法》第十条：“仲裁委员会可以在直辖市和省、自治区人民政府所在地的市设立，也可以根据需要在其他设区的市设立，不按行政区划层层设立。仲裁委员会由前款规定的市的人民政府组织有关部门和商会统一组建。”
2.适用范围不同
②因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；④因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；⑤因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；而商事仲裁解决的是平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，即经济类纠纷，但不包括与身份有关的纠纷、劳动争议、农村集体经济组织内部的农村承包合同纠纷以及行政争议。
3.法律适用不同
因受理的案件不同，劳动争议仲裁委员会与仲裁委员会在解决纠纷时主要适用的法律规范亦不相同。劳动争议仲裁委员会解决的是用人单位与劳动者之间的劳动争议，主要适用《劳动法》《劳动合同法》《劳动合同法实施条例》等法律、法规及司法解释；仲裁委员会解决的是平等主体之间的经济纠纷，主要适用《民法总则》《合同法》等法律、法规及司法解释。
4.管辖方式不同
劳动仲裁是劳动争议当事人向人民法院提起诉讼的必经程序，即劳动仲裁为前置程序；商事仲裁必须以有效的仲裁协议为前提，仲裁委员会才具有案件管辖权，并排斥人民法院的管辖。《劳动争议调解仲裁法》第五条：“发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。”《仲裁法》第四条：“当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。”
5.裁决效力不同
劳动仲裁的裁决，除小额案件外，当事人对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼；对于商事仲裁的裁决，实行一裁终局制度，自裁决书作出之日起发生法律效力，不可再向人民法院提起诉讼。《劳动争议调解仲裁法》第五十条：“当事人对本法第四十七条规定以外的其他劳动争议案件的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼；期满不起诉的，裁决书发生法律效力。”《仲裁法》第五十七条：“裁决书自作出之日起发生法律效力。”
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